首先，過氧化氫滅菌器目標環境的溫度不均勻，可能會造成滅菌氣體在表面產生凝結。一般溫度+/-2.5℃是能被接受的范圍。需要注意的是那些環境中的高溫表面，例如，凍干機、灌裝機等設備的CIP/ SIP功能，會造成局部表面的高溫，需要待這些位置冷卻（一般低于40℃）才能進行過氧化氫滅菌。另外，高溫會由于熱輻射改變環境中氣流的狀態，使得局部的過氧汽化氣體無法到達這些部位。

其二，若目標環境的初始相對濕度過高，環境能容納和吸收的水分只需很少就能達到飽和，這就使滅菌過程越容易產生凝結，氣態過氧化氫濃度會降低，影響滅菌效果。濕度的均勻性會受溫度均勻性影響，溫度高的表面相對局部的濕度也會偏低一些。

第三，過氧化氫滅菌器過氧化氫的用量是滅菌過程中較為可靠也是較為可控的參數。因此過氧化氫的總用量對于滅菌的效果而言是關鍵參數。滅菌區域體積確定的情況下，過氧化氫的用量是滅菌效果的重要考量因素。

第四，環境中過氧化氫的濃度。在滅菌過程中，過氧化氫本身在不斷產生，同時也在不斷分解。維持過氧化氫濃度在一定的水平是大多數滅菌系統廠家的做法，目前大多使用電化學的過氧化氫濃度傳感器作為檢測手段，但作為干法工藝的代表---德國PEA過氧化氫滅菌系統采用的是電容式過氧化氫濃度傳感器，其自動加熱功能可以避免過氧化氫在傳感器表面產生結露，從而使測量更，該電容式過氧化氫傳感器廠家在國內設有校準實驗室。但是需要注意的是，空間中的過氧化氫濃度并不能直接說明滅菌效果的好壞。但是作為一個滅菌循環的參數，檢測其濃度卻是必須的，可以通過濃度的數據分析滅菌循環中的問題。

第五，過氧化氫滅菌器滅菌維持時間也是需要考慮的因素，一方面要有一定的時間讓過氧化氫氣體擴散和接觸，另一方面不同滅菌空間布局，用量不同，維持的時間長短也不一樣，這需要在滅菌前進行參數開發。

第六，滅菌區域里的裝載條件如設備設施的位置會影響過氧化氫氣體的分布，從而影響滅菌效果，需要在參數開發時進行考量。

第七，將滅菌氣體傳送到目標環境（如潔凈區）的方式盡量避免利用長管路傳送，如果沒有對管路進行保溫，背景環境溫度又相對較低，那么過氧化氫會在管道內部產生凝結，傳遞到目標環境中的H2O2就會相對降低。

總之，過氧化氫滅菌器滅菌效果是目標環境溫濕度條件、過氧化氫溶液用量、過氧化氫氣化狀態及濃度、滅菌時間、裝載條件、過氧化氫傳送方式等綜合的影響結果。判斷是否達到滅菌效果的標準是生物指示劑：嗜熱脂肪芽孢桿菌ATCC 12980或ATCC 7953（數量級≥1.0×106），培養箱[55℃-60℃]，培養7天，結果無微生物生長證明達到6log滅菌效果。